GPXファイルはXMLなので、XSLを使って変換することができます。
ここには、カシミール3DからエキスポートしたGPXファイル内の、<kashmir3d:ident>要素と<name>要素の内容を入れ替えるサンプルスタイルシート(*.xsl)をおいてあります。

MSXML 4.0 Service Pack 2をインストールする。
swapname.zipを展開し、MSXSL.exeをswapnameフォルダ内に置く。

1. カシミール3DからウェイポイントもしくはルートをGPX形式でエキスポートする。
2. エキスポートした*.gpxファイルを、swapName.batにドロップする。
   変換が始まります。
3. 変換が成功すると、*_swap.gpxというファイルが生成されます。
   変換後のファイルはUTF-8エンコーディングになります。